一万多年前的旧石器晚期，三山岛就有原始人类居住。

商末（约公元前11世纪）周太王之子泰伯、仲雍在太湖畔（今无锡梅里）建句吴国，三山在其境内。

秦将王翦于前223年灭楚。秦始皇二十六年（前221年）设吴县，三山始有地名。

1949年中华人民共和国成立，东山隶属苏南行政公署太湖行政办事处，三山从属。

1958年东山为洞庭人民公社，三山属洞庭人民公社。

人民公社时期，曾一度更名为洞庭公社晓光大队，1983年11月，人民公社建置撤销，更名为东山乡晓光村，同年12月，复名为三山村。

2001年2月，撤吴县市设苏州市吴中区、相城区，东山隶属苏州市吴中区，三山属东山镇下辖行政村，所辖东泊、桥头、西湖、小姑、山东5个自然村落。

   三山岛位于洞庭东山西南3.5千米处的太湖之中，居江浙两省交界处，东西两山之间，扼苏、湖、杭、锡太湖航道及申芜运河之咽喉，昔日曾是太湖航运驿站，古有“太湖驿站”之称。

   隶属苏州市吴中区东山镇下辖行政村，三山有北山、行山、小姑山三峰相连，周边有泽山、厥山、小雷山、蠡墅山群岛罗列。因三山主岛上有北山、行山、小姑山三峰并列，且又因其近有泽山、厥山两岛相邻，故而得名三山村，亦有笔架山、小蓬莱、珊山岛、三山口、三山峡等别称。    

三山村位于太湖中部，由三山、泽山、厥山、小雷山、蠡墅山等岛礁簇拥而成，是中国内湖最大的群岛村落。东北方向距苏州古城约55千米，西南方向距浙江湖州35千米。距东山长圻码头、金庭石公山码头均为3千米左右，素以“三吴之芯”（江苏吴县、吴江和浙江吴兴）而著称。

全村总面积约2.8平方千米，其中主岛面积约为1.8平方千米，东西长为1.8千米，南北宽为1千米，最高海拔83.3米；泽山岛面积为0.6平方千米，东西长0.8千米，南北宽0.4千米，最高海拔68.8米。厥山岛为0.38平方千米，东西长0.88千米，南北宽0.5千米，最高海拔40米。

三山岛主岛走向北高南低，依次排列着北山、行山、小姑山三座主峰，湖岛北宽南窄，形成三角状，其势突兀峭拔，如一奔跑之猎豹。石灰岩山顶浑圆，山坡为平缓微凸形坡，坡度为15°左右。山坡呈现大量“石芽”“溶沟”“溶洞”等溶蚀微地貌表象，山岩裂隙中为少量薄层土壤。

以下为三山岛自然环境各方面的详细介绍：

三山岛位于太湖“洞庭向斜”褶皱地带西南端，因岁月侵蚀，呈石灰岩丘陵地貌。核部由三叠系青龙群至石炭系黄龙组诸地层组成，部分被太湖水淹覆。三山岛最早呈现的岩层是泥盆纪五通组石英砂岩，主要分布在小姑山南侧的连柱山上；大山、行山、小姑山及泽山西北隅等处的栖霞灰岩，岛西北侧的东泊、西湖两小山，以及其卫星岛泽山、厥山所呈现的晚侏罗纪的火山岩，其岩石留有火山角砾岩、流纹质凝灰熔岩、凝灰质粉砂岩。学界认为，三山独特的地质构成，乃因晚侏罗纪时火山运动而成。

石灰岩性土，主要分布在三山、泽山等岛屿上。母质为石灰二迭系石灰岩。坡积地和局部土层较厚，土壤质地粘重，多为粘壤土和粘土，小块状结构，内有胶膜，颜色呈棕红、棕黄，少量呈棕灰色。土壤有机质含量较高。山体灰岩裸露，仅裂隙间有薄层土壤，山麓地带土层较厚，属石灰性黄标壤，棕红色，质地粘重，夹有灰岩碎屑，呈微碱性反应。粘粒含量30％的为轻粘土，土壤中性偏碱，PH7～8，极适宜花木林果栽植。

三山岛地处北亚热带，具有明显的季风气候特点。气候温暖湿润，日照充足，雨水充沛，春季冷暖多变，阴雨连绵；夏季炎热多雨；秋季秋高气爽；冬季寒冷少雨。

北山海拔83.3米，因位居三山主岛北侧而得名。

行山海拔74.4米，以娘娘菩萨为行宫而得名，亦有一说，旧时吴越丝绸业发达，三山人养蚕桑，桑劳时每天早上鸣钟报行，行山脚下乃桑叶集市，人们在此交换桑叶的行情，久而久之此山被称之行山。

小姑山海拔45.7米，据《太湖备考》载，春秋时阖闾，选妃于三山岛，有吴氏三姐妹入宫为妃，生女胜玉为吴王夫差的皇姑，为纪念皇姑胜玉，故此山得名小姑山。

三山岛境内中间高两端低，以山林为主，雨水可直泻太湖，难以蓄水，故仅有桥头浜、荷花江。

三山自古有“七堡八姓五十堂”之称，意指全岛七个“堡”（自然村），分别是：桥头堡、上横堡、下横堡、东泊堡、小姑堡、西湖堡、山东堡，每堡聚居几十户人家。姓氏中大姓有八个：吴、秦、查、潘、许、张、黄、薛；大户人家共有五十余户，均建有深宅大院，题有堂号。

根据康熙《具区志》所载，三山岛历史上人口最稠密时期为清康熙年间的“三十六都在三山、泽山、厥山统图属洞庭乡，户612，人口3012。”1950年，据太湖办事处统计：“三山直属村有户165户，人口598人”。至2020年，有户284户，人口765人，其中男368人，女397人。

据2020年统计，全村765人中，90岁以上老人8位，是太湖流域的“长寿之村”之一。

根据《吴县东山镇三山村基本农田保护区划定说明书》，1994年三山岛共有土地资源281公顷，其中耕地面积149公顷，园地面积64公顷，林地面积42公顷，居民及工矿用地面积6.3公顷，交通用地面积1.3公顷，水域面积1.3公顷，其它占地面积54.4公顷。 

三山岛果木资源丰富，至明清年间，已栽有茶叶、梅子、枇杷、杨梅、水蜜桃、马眼枣子、石榴、白果、板栗、桔子等10多个品种，花果种植是村民的主要收入来源之一。20世纪60年代，各个生产队抓“五子登科“，即梅子、茧子、枣子、桔子、橙子促农业经济发展。20世纪90年代中期，梅子市场价为3.7元每市斤。山东生产队可产梅子260多担（1担等于100斤），仅梅子收入一项，生产队60人一年的口粮即可全部解决。

三山岛从20世纪70年代开始养殖长毛兔，80年代初，形成规模化养殖。通过西德种兔和本地草兔的杂交，获得成功，培育出了杂交一代、二代、三代、四代长毛兔，其兔毛品质越来越好。每兔一年可剪兔毛五次，可观的经济收入激发了村民的养兔热情，当时可谓家家养兔，养殖多的人家达200多只，兔舍也造得美观讲究，最高的达四层。年收入逾2万多元。

 20世纪50年代，蚕茧是三山岛主要养殖品种，古时就有年年祭供“蚕花娘娘”（复兴庵内）的习俗。